Prenatal dönemde multiplex kantitatif fluoresan pcr (QF-PCR) tekniği ile yaygın kromozomal anoploidilerin tespiti: Cumhuriyet Üniversitesi Tıp Fakültesi deneyimi

Özet

Amaç. Kantitatif fluoresan polimeraz zincir reaksiyonu (quantitative fluorescent polymerase chain reaction, QF-PCR) insanda major sayısal anoploidi nedeni olan kromozom 13, 18, 21, X ve Y kromozomlarının küçük ardıl tekrar (short tandem repeat, STR) analizi ile hızlı kimliklendirilmesine olanak sağlayan bir yöntemdir. Araştırmada, üçlü test pozitifliği ve diğer nedenlerle riskli kabul edilen gebeliklerde QF-PCR tekniği kullanılarak fetal kromozomlarda STR analizi yapılmış, yöntemin prenatal tanıdaki yeri ve önemi tartışılmıştır. Yöntem. Toplam 300 adet riskli gebelik analiz edilmiş olup analizlerin tamamında fetal amniyotik mayii (15 mL) kullanılmıştır. Bu amaçla Cumhuriyet Üniversitesi Tıp Fakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalı tarafından analiz için gönderilen fetal amniyotik mayiinin RPM1640 besi ortamında solid hücre kültürü ile karyotip karyogram ve QF-PCR ile STR analizleri yapılmıştır. STR analiz için yaklaşık 05-1 mL amniyotik mayii örneğinden izole edilen total genomik DNA kullanıldı. Fetal DNA’lar uygun primerler kullanılarak kromozom 13, 18, 21, X ve Y’ye ait toplam 17 STR bölgesi fluoresan multiplex PCR yöntemiyle amplifiye edildi ve genotiplendirildi. Bulgular. Analiz için amniyotik mayii örneği gönderilen gebeliklerin 16-20 haftalık gebelikler oldukları ve en önemli etiyolojik sebebin ise ileri anne yaşı olduğu tespit edildi. Sivas bölgesine ait laboratuvarımıza gönderilen 300 adet amniyon mayii materyalinden 1 adet trizomi 13 (Patau sendromu), 1 adet trizomi 18 (Edward sendromu), 5 adet trizomi 21 (Down sendromu) olmak üzere toplam 7 adet trizomik fetus tanısı kondu ve raporlandırıldı. Bu sonuçlar aynı zamanda amniyon hücre kültürü ile elde edilen karyotip analizi ile doğrulandı. Trizomik fetusların her iki ebeveynine fetus karyotipleri hakkında genetik danışma verildi. Sonuç. Prenatal tanıda QF-PCR yönteminin yararlılığı ortaya konmuş olup rutin prenatal tanıda güvenle kullanılabileceği gösterilmiştir.

Anahtar sözcükler: Prenatal tanı, QF-PCR. anoploidi

 

Abstract

Aim. Quantitative fluorescent polymerase chain reaction (QF-PCR) is a method that helps rapid detection of chromosome 13, 18, 21, X and Y which are the major cause of numerical aneuploidies in human using specific short tandem repeats (STR). In the current study, STR analysis, with using QF-PCR technique, was done in fetal chromosomes of pregnancies which was accepted as risky in terms of triple test positivity and other reasons and the value of the method in prenatal diagnosis. Method. A total of 300 risky fetus were analysed, fetal amniotic fluid (15 mL) was used for all analyses. For this purpose, fetal amniotic fluids, which were referred by Cumhuriyet University School of Medicine, Department of Obstetrics and Gynecology, were subjected to karyotyping by cell culture in RPM1640 culture medium and of-PCR STR analysis. Total genomic DNA samples extracted from fetal amniotic fluid cells (1-1.5 mL) were used for STR analysis. Fetal DNAs were amplified and then genotyped using appropriate primers belonging to chromosomes 13, 18, 21, X and Y in terms of 17 STR region. Results. It was determined that the pregnant women whose amniotic fluids were sent for analysis, were between 16-week and 20-week of pregnancies, and the most important etiologic reason was advanced mother age. A trisomy 13 (Patau syndrome), a trisomy 18 (Edwards Syndrome) and 5 trisomy 21 (Down syndrome) were detected in total of amniotic fluids which were sent to our laboratory of Sivas region. These results were also confirmed by cell culture and karyotype analysis. Genetic counselling about their fetuses’ karyotype was given to both of the parents. Discussion. These results showed that QF-PCR is an effective method and can be used safely in prenatal diagnosis.

Keywords: Prenatal diagnosis, QF-PCR, aneuploidy

Amaç. Kantitatif fluoresan polimeraz zincir reaksiyonu (quantitative fluorescent polymerase chain reaction, QF-PCR) insanda major sayısal anoploidi nedeni olan kromozom 13, 18, 21, X ve Y kromozomlarının küçük ardıl tekrar (short tandem repeat, STR) analizi ile hızlı kimliklendirilmesine olanak sağlayan bir yöntemdir. Araştırmada, üçlü test pozitifliği ve diğer nedenlerle riskli kabul edilen gebeliklerde QF-PCR tekniği kullanılarak fetal kromozomlarda STR analizi yapılmış, yöntemin prenatal tanıdaki yeri ve önemi tartışılmıştır. Yöntem. Toplam 300 adet riskli gebelik analiz edilmiş olup analizlerin tamamında fetal amniyotik mayii (15 mL) kullanılmıştır. Bu amaçla Cumhuriyet Üniversitesi Tıp Fakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalı tarafından analiz için gönderilen fetal amniyotik mayiinin RPM1640 besi ortamında solid hücre kültürü ile karyotip karyogram ve QF-PCR ile STR analizleri yapılmıştır. STR analiz için yaklaşık 05-1 mL amniyotik mayii örneğinden izole edilen total genomik DNA kullanıldı. Fetal DNA’lar uygun primerler kullanılarak kromozom 13, 18, 21, X ve Y’ye ait toplam 17 STR bölgesi fluoresan multiplex PCR yöntemiyle amplifiye edildi ve genotiplendirildi. Bulgular. Analiz için amniyotik mayii örneği gönderilen gebeliklerin 16-20 haftalık gebelikler oldukları ve en önemli etiyolojik sebebin ise ileri anne yaşı olduğu tespit edildi. Sivas bölgesine ait laboratuvarımıza gönderilen 300 adet amniyon mayii materyalinden 1 adet trizomi 13 (Patau sendromu), 1 adet trizomi 18 (Edward sendromu), 5 adet trizomi 21 (Down sendromu) olmak üzere toplam 7 adet trizomik fetus tanısı kondu ve raporlandırıldı. Bu sonuçlar aynı zamanda amniyon hücre kültürü ile elde edilen karyotip analizi ile doğrulandı. Trizomik fetusların her iki ebeveynine fetus karyotipleri hakkında genetik danışma verildi. Sonuç. Prenatal tanıda QF-PCR yönteminin yararlılığı ortaya konmuş olup rutin prenatal tanıda güvenle kullanılabileceği gösterilmiştir.