Amaç: Glioblastomalar (GBM'ler) çok düşük genel sağkalım oranlarına sahip invaziv ve metastatik kanserlerdir. Bu nedenle, GBM tanısı ve prognozu için yeni bir biyobelirteç önermek çok önemlidir. Bu amaçla, kanserde büyük öneme sahip olan SLC2A gen ailesinin GBM'deki prognostik potansiyelini araştırmayı amaçladık.
Yöntemler: Solute taşıyıcı 2A (SLC2A) gen ailesi ekspresyon düzeyleri, metilasyon ve genel sağkalım oranları TCGA, GEPIA ve UALCAN veri tabanları ile analiz edildi. Mutasyonlar Kaplan-Meier Plot ve UCSC Xena veri tabanı ile değerlendirildi. Protein-protein etkileşimleri String veri tabanı ile analiz edildi.
Bulgular: SLC2A gen ailesinde istatistiksel olarak anlamlı bir mutasyon saptanmadı. Analiz sonucunda SLC2A1 ve SLC2A5 genlerinde yüksek ekspresyon ve SLC2A6 gen ekspresyonunda azalma istatistiksel olarak anlamlı bulundu. SLC2A1, SLC2A2, SLC2A3 ve SLC2A5 genlerinin promotör bölgelerinde hipermetilasyon, SLC2A4 ve SLC2A6 genlerinde ise hipometilasyon saptandı. SLC2A3 gen ekspresyonundaki artış hastaların genel sağ kalım oranı ile ilişkili bulundu.
Sonuç: SLC2A1, SLC2A5 ve SLC2A6 geninin yukarı regülasyonu GBM tanısında bir biyobelirteç olabilir ve SLC2A3 prognozda bir belirteç olabilir.
Objective: Glioblastomas (GBMs) are invasive and metastatic cancers with very low overall survival rates. Therefore, it is very important to propose a new biomarker for GBM diagnosis and prognosis. For this purpose, we aimed to investigate the prognostic potential of the SLC2A gene family, which has great importance in cancer, in GBM.
Methods: Solute carrier 2A (SLC2A) gene family expression levels, methylation and overall survival rates were analyzed with TCGA, GEPIA and UALCAN databases. Mutations were evaluated with Kaplan-Meier Plot and UCSC Xena database. Protein-protein interactions were analyzed with String database.
Results: No statistically significant mutation was detected in the SLC2A gene family. As a result of the analysis, high expression in SLC2A1 and SLC2A5 genes and decrease in SLC2A6 gene expression were found to be statistically significant. Hypermethylation was detected in the promoter regions of SLC2A1, SLC2A2, SLC2A3 and SLC2A5 genes, while hypomethylation was detected in SLC2A4 and SLC2A6 genes. The increase in SLC2A3 gene expression was associated with the overall survival rate of the patients.
Conclusion: SLC2A1, SLC2A5 and SLC2A6 gene up-regulation may be a biomarker in the diagnosis of GBM, and SLC2A3 may be a marker in prognosis.
Birincil Dil | İngilizce |
---|---|
Konular | Tıp Eğitimi |
Bölüm | Araştırma Makalesi |
Yazarlar | |
Yayımlanma Tarihi | 31 Aralık 2024 |
Gönderilme Tarihi | 13 Aralık 2024 |
Kabul Tarihi | 23 Aralık 2024 |
Yayımlandığı Sayı | Yıl 2024Cilt: 46 Sayı: 4 |