Prenatal dönemde multiplex kantitatif fluoresan PCR (QF-PCR) tekniği ile yaygın kromozomal anoploidilerin tespiti: Cumhuriyet Üniversitesi Tıp Fakültesi deneyimi
Öz
Özet
Amaç. Kantitatif fluoresan polimeraz zincir reaksiyonu (quantitative fluorescent polymerase chain reaction, QF-PCR) insanda major sayısal anoploidi nedeni olan kromozom 13, 18, 21, X ve Y kromozomlarının küçük ardıl tekrar (short tandem repeat, STR) analizi ile hızlı kimliklendirilmesine olanak sağlayan bir yöntemdir. Araştırmada, üçlü test pozitifliği ve diğer nedenlerle riskli kabul edilen gebeliklerde QF-PCR tekniği kullanılarak fetal kromozomlarda STR analizi yapılmış, yöntemin prenatal tanıdaki yeri ve önemi tartışılmıştır. Yöntem. Toplam 300 adet riskli gebelik analiz edilmiş olup analizlerin tamamında fetal amniyotik mayii (15 mL) kullanılmıştır. Bu amaçla Cumhuriyet Üniversitesi Tıp Fakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalı tarafından analiz için gönderilen fetal amniyotik mayiinin RPM1640 besi ortamında solid hücre kültürü ile karyotip karyogram ve QF-PCR ile STR analizleri yapılmıştır. STR analiz için yaklaşık 05-1 mL amniyotik mayii örneğinden izole edilen total genomik DNA kullanıldı. Fetal DNA’lar uygun primerler kullanılarak kromozom 13, 18, 21, X ve Y’ye ait toplam 17 STR bölgesi fluoresan multiplex PCR yöntemiyle amplifiye edildi ve genotiplendirildi. Bulgular. Analiz için amniyotik mayii örneği gönderilen gebeliklerin 16-20 haftalık gebelikler oldukları ve en önemli etiyolojik sebebin ise ileri anne yaşı olduğu tespit edildi. Sivas bölgesine ait laboratuvarımıza gönderilen 300 adet amniyon mayii materyalinden 1 adet trizomi 13 (Patau sendromu), 1 adet trizomi 18 (Edward sendromu), 5 adet trizomi 21 (Down sendromu) olmak üzere toplam 7 adet trizomik fetus tanısı kondu ve raporlandırıldı. Bu sonuçlar aynı zamanda amniyon hücre kültürü ile elde edilen karyotip analizi ile doğrulandı. Trizomik fetusların her iki ebeveynine fetus karyotipleri hakkında genetik danışma verildi. Sonuç. Prenatal tanıda QF-PCR yönteminin yararlılığı ortaya konmuş olup rutin prenatal tanıda güvenle kullanılabileceği gösterilmiştir.
Anahtar sözcükler: Prenatal tanı, QF-PCR. anoploidi
Abstract
Aim. Quantitative fluorescent polymerase chain reaction (QF-PCR) is a method that helps rapid detection of chromosome 13, 18, 21, X and Y which are the major cause of numerical aneuploidies in human using specific short tandem repeats (STR). In the current study, STR analysis, with using QF-PCR technique, was done in fetal chromosomes of pregnancies which was accepted as risky in terms of triple test positivity and other reasons and the value of the method in prenatal diagnosis. Method. A total of 300 risky fetus were analysed, fetal amniotic fluid (15 mL) was used for all analyses. For this purpose, fetal amniotic fluids, which were referred by Cumhuriyet University School of Medicine, Department of Obstetrics and Gynecology, were subjected to karyotyping by cell culture in RPM1640 culture medium and of-PCR STR analysis. Total genomic DNA samples extracted from fetal amniotic fluid cells (1-1.5 mL) were used for STR analysis. Fetal DNAs were amplified and then genotyped using appropriate primers belonging to chromosomes 13, 18, 21, X and Y in terms of 17 STR region. Results. It was determined that the pregnant women whose amniotic fluids were sent for analysis, were between 16-week and 20-week of pregnancies, and the most important etiologic reason was advanced mother age. A trisomy 13 (Patau syndrome), a trisomy 18 (Edwards Syndrome) and 5 trisomy 21 (Down syndrome) were detected in total of amniotic fluids which were sent to our laboratory of Sivas region. These results were also confirmed by cell culture and karyotype analysis. Genetic counselling about their fetuses’ karyotype was given to both of the parents. Discussion. These results showed that QF-PCR is an effective method and can be used safely in prenatal diagnosis.
Keywords: Prenatal diagnosis, QF-PCR, aneuploidy
Anahtar Kelimeler
Kaynakça
- Adinolfi M, Sherlock J, Pertl B. Rapid detection of selected aneuploidies by quantitative flourescent PCR. Bioessays 1995; 17: 661-4.
- Adinolfi M, Pertl B, Sherlock J. Rapid detection of aneuploides by microsatellites and the quantitative flourescent polymerase chain reaction. Prenat Diagn 1997; 17: 1299-311.
- Pertl B, Kopp S, Kroisel P, Häusler M, Sherlock J, Winter R, Adinolfi M. Quantitative fluorescent polymerase chain reaction for the rapid prenatal detection of common aneuploidies and fetal sex, Am J Obstet Gynecol 1997; 177: 899-906.
- Pertl B, Pieber D, Lercher-Hertlieb A, Orescovic I, Haeusler M, Winter R, Kroisel P, Adinolfi M. Rapid prenatal diagnosis of aneuploidy by, quantitative fluorescent PCR on fetal samples from mothers at high risk for chromosome disordes. Mol Hum Reprod 1999; 5: 1176-9.
- Findlay. I, Tóth T, Matthews P, Marton T, Quirke P, Papp Z. Rapid trisomy diagnosis (21, 18, and 13) using fluorescent PCR and short tandem repeats: applications for prenatal diagnosis and preimplantation genetic diagnosis. J Asist Reprod Genet 1998; 15: 266-75.
- Verma L, Macdonald F, Leedham P, McConachie M, Dhanjal S, Hultén M. Rapid and simple prenatal DNA diagnosis of Down’s syndrome. Lancet 1998; 352: 9-12.
- Schmidt W, Jenderny J, Hecher K, Hackelöer BJ, Kerber S, Kochhan L, Held KR. Detection of aneuploidy in chromosomes X, Y, 13, 18 and 21 by QF-PCR in 662 selected pregnancies at risk. Mol Hum Reprod 2000; 6: 855-60.
- Ward BE, Gersen SL, Carelli MP, McGuire NM, Dackowski WR, Weinstein M, Sandlin C, Warren R, Klinger KW. Rapid prenatal diagnosis of chromosomal aneuploidies by fluorescence in situ hybridization: clinical experience with 4,500 specimens. Am J Hum Genet 1993; 52: 854-65.
- Eiben B, Trawicki W, Hammans W, Goebel R, Pruggmayer M, Epplen JT. Rapid prenatal diagnosis of aneuploidies in uncultured amniocytes by fluorescence in situ hybridization. Evaulation of >3000 cases. Fetal Diagn Ther 1999; 14: 193-7.
- Sherlock J, Cirigliano V, Petrou M, Tutschek B, Adinolfi M. Assessment of diagnostic quantitative fluorescent multiplex polymerase chain reaction assays performed on single cells. Ann Hum Genet 1998; 62: 9-23.
- Jobling MA, Lo IC, Turner DJ, Bowden GR, Lee AC, Xue Y, Carvalho-Silva D, Hurles ME, Adams SM, Chang YM, Kraaijenbrink T, Henke J, Guanti G, Mckeown B, Van Oorschot RA, Mitchell RJ, de Knijff P, Tyler-Smith C, Parkin EJ. Structural variation on the short arm of the human Y chromosome: recurrent multigene deletions encompassing Amelogenin Y. Hum Mol Genet 2007; 16: 307-16.
- Murphy KM, Cohen JS, Goodrich A, Long PP, Griffin CA. Constitutional duplication of a region of chromosome Yp encoding AMELY, PRKY, and TBL1Y: implications for sex chromosome analysis and bone marrow engrafment analysis. J Mol Diagn 2007; 9: 408-13.
Prenatal dönemde multiplex kantitatif fluoresan pcr (QF-PCR) tekniği ile yaygın kromozomal anoploidilerin tespiti: Cumhuriyet Üniversitesi Tıp Fakültesi deneyimi
Öz
Amaç. Kantitatif fluoresan polimeraz zincir reaksiyonu (quantitative fluorescent polymerase chain reaction, QF-PCR) insanda major sayısal anoploidi nedeni olan kromozom 13, 18, 21, X ve Y kromozomlarının küçük ardıl tekrar (short tandem repeat, STR) analizi ile hızlı kimliklendirilmesine olanak sağlayan bir yöntemdir. Araştırmada, üçlü test pozitifliği ve diğer nedenlerle riskli kabul edilen gebeliklerde QF-PCR tekniği kullanılarak fetal kromozomlarda STR analizi yapılmış, yöntemin prenatal tanıdaki yeri ve önemi tartışılmıştır. Yöntem. Toplam 300 adet riskli gebelik analiz edilmiş olup analizlerin tamamında fetal amniyotik mayii (15 mL) kullanılmıştır. Bu amaçla Cumhuriyet Üniversitesi Tıp Fakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalı tarafından analiz için gönderilen fetal amniyotik mayiinin RPM1640 besi ortamında solid hücre kültürü ile karyotip karyogram ve QF-PCR ile STR analizleri yapılmıştır. STR analiz için yaklaşık 05-1 mL amniyotik mayii örneğinden izole edilen total genomik DNA kullanıldı. Fetal DNA’lar uygun primerler kullanılarak kromozom 13, 18, 21, X ve Y’ye ait toplam 17 STR bölgesi fluoresan multiplex PCR yöntemiyle amplifiye edildi ve genotiplendirildi. Bulgular. Analiz için amniyotik mayii örneği gönderilen gebeliklerin 16-20 haftalık gebelikler oldukları ve en önemli etiyolojik sebebin ise ileri anne yaşı olduğu tespit edildi. Sivas bölgesine ait laboratuvarımıza gönderilen 300 adet amniyon mayii materyalinden 1 adet trizomi 13 (Patau sendromu), 1 adet trizomi 18 (Edward sendromu), 5 adet trizomi 21 (Down sendromu) olmak üzere toplam 7 adet trizomik fetus tanısı kondu ve raporlandırıldı. Bu sonuçlar aynı zamanda amniyon hücre kültürü ile elde edilen karyotip analizi ile doğrulandı. Trizomik fetusların her iki ebeveynine fetus karyotipleri hakkında genetik danışma verildi. Sonuç. Prenatal tanıda QF-PCR yönteminin yararlılığı ortaya konmuş olup rutin prenatal tanıda güvenle kullanılabileceği gösterilmiştir.
Anahtar Kelimeler
Kaynakça
- Adinolfi M, Sherlock J, Pertl B. Rapid detection of selected aneuploidies by quantitative flourescent PCR. Bioessays 1995; 17: 661-4.
- Adinolfi M, Pertl B, Sherlock J. Rapid detection of aneuploides by microsatellites and the quantitative flourescent polymerase chain reaction. Prenat Diagn 1997; 17: 1299-311.
- Pertl B, Kopp S, Kroisel P, Häusler M, Sherlock J, Winter R, Adinolfi M. Quantitative fluorescent polymerase chain reaction for the rapid prenatal detection of common aneuploidies and fetal sex, Am J Obstet Gynecol 1997; 177: 899-906.
- Pertl B, Pieber D, Lercher-Hertlieb A, Orescovic I, Haeusler M, Winter R, Kroisel P, Adinolfi M. Rapid prenatal diagnosis of aneuploidy by, quantitative fluorescent PCR on fetal samples from mothers at high risk for chromosome disordes. Mol Hum Reprod 1999; 5: 1176-9.
- Findlay. I, Tóth T, Matthews P, Marton T, Quirke P, Papp Z. Rapid trisomy diagnosis (21, 18, and 13) using fluorescent PCR and short tandem repeats: applications for prenatal diagnosis and preimplantation genetic diagnosis. J Asist Reprod Genet 1998; 15: 266-75.
- Verma L, Macdonald F, Leedham P, McConachie M, Dhanjal S, Hultén M. Rapid and simple prenatal DNA diagnosis of Down’s syndrome. Lancet 1998; 352: 9-12.
- Schmidt W, Jenderny J, Hecher K, Hackelöer BJ, Kerber S, Kochhan L, Held KR. Detection of aneuploidy in chromosomes X, Y, 13, 18 and 21 by QF-PCR in 662 selected pregnancies at risk. Mol Hum Reprod 2000; 6: 855-60.
- Ward BE, Gersen SL, Carelli MP, McGuire NM, Dackowski WR, Weinstein M, Sandlin C, Warren R, Klinger KW. Rapid prenatal diagnosis of chromosomal aneuploidies by fluorescence in situ hybridization: clinical experience with 4,500 specimens. Am J Hum Genet 1993; 52: 854-65.
- Eiben B, Trawicki W, Hammans W, Goebel R, Pruggmayer M, Epplen JT. Rapid prenatal diagnosis of aneuploidies in uncultured amniocytes by fluorescence in situ hybridization. Evaulation of >3000 cases. Fetal Diagn Ther 1999; 14: 193-7.
- Sherlock J, Cirigliano V, Petrou M, Tutschek B, Adinolfi M. Assessment of diagnostic quantitative fluorescent multiplex polymerase chain reaction assays performed on single cells. Ann Hum Genet 1998; 62: 9-23.
- Jobling MA, Lo IC, Turner DJ, Bowden GR, Lee AC, Xue Y, Carvalho-Silva D, Hurles ME, Adams SM, Chang YM, Kraaijenbrink T, Henke J, Guanti G, Mckeown B, Van Oorschot RA, Mitchell RJ, de Knijff P, Tyler-Smith C, Parkin EJ. Structural variation on the short arm of the human Y chromosome: recurrent multigene deletions encompassing Amelogenin Y. Hum Mol Genet 2007; 16: 307-16.
- Murphy KM, Cohen JS, Goodrich A, Long PP, Griffin CA. Constitutional duplication of a region of chromosome Yp encoding AMELY, PRKY, and TBL1Y: implications for sex chromosome analysis and bone marrow engrafment analysis. J Mol Diagn 2007; 9: 408-13.
Ayrıntılar
| Birincil Dil | Türkçe |
|---|---|
| Bölüm | Temel Tıp Bilimleri Araştırma Yazıları |
| Yazarlar | |
| Yayımlanma Tarihi | 25 Nisan 2011 |
| Yayımlandığı Sayı | Yıl 2011Cilt: 33 Sayı: 4 |